Nad pracą Dyrektora Narodowego Instytutu Wolności – Centrum Rozwoju Społeczeństwa Obywatelskiego czuwa Rada Narodowego Centrum Wolności. W jej kompetencji znajduje się opiniowanie projektu rocznego planu finansowego oraz rocznego planu działalności, opiniowanie rocznego sprawozdania finansowego i sprawozdania z działalności, opiniowania projektów programów wspierania rozwoju społeczeństwa obywatelskiego, opiniowanie końcowego sprawozdania z realizacji programów, opiniowanie wyboru firmy audytorskiej badającej roczne sprawozdania, opiniowanie projektu regulaminu wewnętrznego NIW-CRSO, a także regulaminów poszczególnych programów finansowych.
Rada wyraża zgodę na rozporządzanie majątkiem powyżej 200 000,00 zł przez Dyrektora NIW-CRSO. W skład Rady wchodzą: jeden członek powoływany i odwoływany przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej, trzech członków powoływanych i odwoływanych przez Przewodniczącego Komitetu do spraw Pożytku Publicznego, członek powoływany i odwoływany przez ministra właściwego do spraw finansów publicznych, pięciu członków reprezentujących organizacje pozarządowe (każdy z kandydatów musi mieć poparcie przynajmniej 20 organizacji pozarządowych), a także członek reprezentujący jednostki samorządu terytorialnego.
Kandydat na członka Rady powinien korzystać z pełni praw publicznych, cieszyć się nieposzlakowaną opinią, nie być skazanym prawomocnym wyrokiem za umyślne przestępstwo i umyślne przestępstwo skarbowe oraz posiadać wiedzę i co najmniej trzyletnie doświadczenie w zakresie funkcjonowania społeczeństwa obywatelskiego, pożytku publicznego i wolontariatu. Kadencja członków Rady trwa trzy lata.
Aktualnie członkami Rady NIW-CRSO są: Piotr Mazurek, Wojciech Jachiowicz, Ew Leś, Marek Rymsza, Tymoteusz Zych, Jarosław Bierecki, Piotr Wasilewski, Iwona Gibas, Eliasz Grubiński, Barłomiej Orzeł oraz Piotr Patkowski. Zastępcami Dyrektora NIW-CRSO są Michał Rulski oraz Przemysław Jaśkiewicz. Dyrektorem jest Wojciech Kaczmarczyk.